Notevolissimo è il nucleo di sculture della Collezione Farnese, di età imperiale, rinvenute nel Cinquecento dai Farnese nelle Terme di Caracalla a Roma: fra queste, le statue colossali di Ercole (un’opera fondamentale anche per i suoi riflessi sull’arte rinascimentale, che ad essa s’ispirò) e il Toro Farnese.

Superata la galleria delle statue Farnese, è possibile visitare un’altra delle collezioni storiche del Museo, la Raccolta di gemme provenienti sia da ritrovamenti in Campania, sia dalla raccolta Farnese.

Dal vestibolo del Museo si accede al piano ammezzato, dove si trovano, a destra, una selezione delle oltre 200.000 monete della Collezione numismatica, a sinistra, i Mosaici (per i e il c.d. Gabinetto segreto.
Al piano nobile la visita comincia dal Salone della Meridiana, inizialmente destinato a ospitare la biblioteca borbonica, da qui si accede alla Collezione degli affreschi e si prosegue nelle sale dedicate alla Villa dei Papiri, fastosa residenza ercolanese dei Pisoni dalla quale provengono sculture, bronzi e i celebri papiri con testi greci.
Seguono le collezioni di argenti, per lo più provenienti da abitazioni pompeiane ed ercolanesi, gli oggetti di avorio e osso e le terrecotte invetriate – lucerne, vasellame, plastica decorativa – di fabbrica o di tipo egizi testimoniano alcuni aspetti della vita quotidiana di Pompei ed Ercolano.